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科學家發布生物進化與多組學綜合分析軟件

文章來源:上海營養與健康研究所   發布時間:2019-06-28  【字號:     】  

  隨著二代測序成本的不斷降低以及三代、四代測序技術的快速發展,越來越多生物物種的全基因組序列被解讀出來,多組學數據呈現爆發性增長的態勢。然而,數據的高效挖掘和深度解析卻是生物學家面臨的又一難題。為了解決這一難題,中國科學院上海營養與健康研究所隸屬的中科院計算生物學重點實驗室和中科院北京基因組研究所、中科院北京生命科學研究院、中科院生物化學與細胞生物學研究所、上海生物信息技術研究中心、中科院動物進化與遺傳前沿交叉卓越創新中心等多家單位組成聯合攻關團隊,開發了一個針對生物進化和多組學綜合分析的免費軟件eGPS 1.0 (http://www.egps-software.org),并提供免費云計算服務。

  eGPS軟件包括單機軟件版本eGPS Desktop和云計算eGPS Cloud,能夠在不同平臺下運行,且利于開發,易于應用。通過eGPS Cloud,將基因組分析、群體數據分析、進化數據分析、網絡分析以及圖形可視化這五部分的分析有機整合起來,實現遠程云計算功能,方便用戶在缺乏計算資源的情況下快速獲得運算結果,并最終以圖形、圖表等形式直觀展示。通過eGPS Desktop,在無須上傳數據的情況下,用戶可以分析基因組學、轉錄組學和蛋白質組學的數據。同時eGPS Desktop還擁有完善的進化分析流程。比如可以直接從基因組序列比對建立物種樹。在eGPS Cloud和其他開放式在線資源的支持下,eGPS Desktop提供了一鍵點擊從候選基因到基因樹的分析流程。

  該項工作以EGPS 1.0: Comprehensive software for multi-omic and evolutionary analyses 為題于6月18日在線發表于《國家科學評論》(National Science Review)。該項研究得到中科院戰略先導項目“動物復雜性狀的進化解析與調控”(XDB13000000)的資助。

  論文鏈接

 

  圖A、eGPS Cloud網頁界面,共包括15個軟件以及20個可視化工具。圖B、eGPS Desktop軟件界面,共包括3大類16個功能模塊,并且支持第三方插件。




(責任編輯:葉瑞優)

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